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摘要： 1、样本准备 - 对于全血样本，需要使用新鲜血液，加入含EDTA或肝素钠的抗凝管中，采集后应立即颠倒混匀，室温放置2小时后运输至实验室， - 组织样本需去除表面杂质，简单梯度冻存（...

1、样本准备

对于全血样本，需要使用新鲜血液，加入含EDTA或肝素钠的抗凝管中，采集后应立即颠倒混匀，室温放置2小时后运输至实验室。

组织样本需去除表面杂质，简单梯度冻存（4℃30分钟，20℃30分钟，再放入80℃长期保存），干冰运输。

细胞样本需进行甲醛交联固定，交联前细胞需处于活性状态。

2、染色质制备

裂解细胞，先裂解细胞膜得到细胞核，再进一步裂解细胞核。

将染色质依次酶切、DNA末端标记、钝端环化连接、DNA纯化。

用超声波或其他方式再次打断片段，然后用磁珠捕获带生物素的DNA片段。

3、文库构建与测序

将捕获到的DNA片段进行文库扩增和质检。

构建好的文库经过Illumina平台测序，测序策略为PE150。

4、数据分析

对测序数据进行质控，过滤高质量的FASTQ数据。

选择高质量的比对数据，进行HiC特异的比对标准处理。

对比对结果进行矫正，得到互作矩阵。

5、可视化与解读

利用相关软件工具对HiC数据进行可视化分析。

根据可视化结果解析全基因组互作模式、辅助提升基因组组装、构建基因组单体型图谱等。

注意事项

1、样本质量：确保样本新鲜且无污染，特别是全血样本需使用EDTA或肝素钠抗凝管，避免肝素钠影响酶活性。

2、实验条件：严格控制实验条件，如甲醛交联浓度、酶切时间、连接效率等，以确保实验结果的准确性和可靠性。

3、数据分析：选择合适的分析软件和算法，对测序数据进行深入分析和解读，以获取有价值的生物学信息。

常见问题解答

1、为什么需要对HiC数据进行质控？

质控是为了确保测序数据的质量，过滤掉低质量的数据，提高后续分析的准确性和可靠性。

2、如何选择合适的分析软件？

根据研究需求和数据特点选择合适的分析软件，常用的HiC分析软件包括HiCUP、Hiclib、HiCorrector等，这些软件各有特点，可以根据具体需求进行选择。

3、HiC技术有哪些应用前景？

HiC技术在基因表达调控机制的空间调控研究、染色体水平参考基因组构建、构建单体型图谱等方面具有广泛的应用前景，随着技术的不断发展和完善，HiC技术将在更多领域发挥重要作用。